鳝种目前有人工培育、野外捞取及市场购买三种来源。无论哪种渠道的鳝种都必须严格把关。养殖黄鳝能否获得成功，取得较好的经济效益，黄鳝种苗的选购是一个很关键的技术。有很多初养者不懂得选种技术，在外购得或捕得大批种苗，没有把握好选购技术关，有这样或那样的潜在问题，表面上看不出来。在以后的饲养过程中，一边养一边就出现各种各样的病害向题，若不及时采取措施，就会边养边死，这样一来，黄鳝的养殖成活率就低，以至于养殖失败，损失严重。即使采取措施，黄鳝的生长也要受很大影响。因此，尽量不要把问题留在养殖过程中去处理，而在养殖前的种苗选购时就想办法解决能解决的所有问题，使养殖过程顺利进行。下面我们总结多方面的养殖经验，介绍在选购黄鳝苗种时要注意的几个关键问题。
首先要选择正规的黄鳝养殖场家：购苗时，必须考察养殖场家是否正规，是否具备检疫条件或检疫过的证件，黄鳝种苗是否是人工培育。正规的黄鳝养殖场家培育的黄鳝苗，已经过人工驯化，这种黄鳝种苗抗逆性强，成活率高，喂养起来适应快，生长也较快；并且还能进行病虫害检疫和出具相关证明书。若不是正规的养殖场就要弄清黄鳝苗种的来源，是人工养的鳝种规格较整齐，颜色较一致；是野外捕捉的鳝大小不一，颜色深浅黄灰不一。在今后的养殖发展中，国家要求实行无公害养鳝的标准，并要求逐步到位；凡是出售黄鳝的苗种或食品鳝都要有检疫检测的相关证书。
要选择优良的黄鳝品种：黄鳝依其体色一般可分为三种类型，一种是体表深黄色并夹有大斑点，或浅黄色夹有斑点，腹部白色，它的增肉倍数为 3 一 5 倍，生长较快，以它作为饲养品种是最好的；第二种为体表青黄色夹有灰暗斑点，腹部白色有的夹有灰暗斑点；第三种是体表灰色且斑点细密。后两种类型生长速度缓慢一些，增肉倍数也小些；在天然群体中后两种鳝的数量比例不大，可以不计较；但在选择作繁殖亲本时，尽量不要挑选后两种。以第一种为主。
要选择体质健康的鳝种：选购黄鳝种苗，要选择体型匀称，体质健壮，体表无伤、无病而且有一定光泽，规格大体一致的黄鳝种苗，不购有病、规格悬殊的黄鳝苗种，更不能购买虽然体表无病无害但无一点光泽的鳝，这种鳝很可能是电捕或药捕的。
要正确选择购黄鳝苗种的季节：购黄鳝种苗最好选择在每年的 4 月份、 5 月初，以避开 5 月中旬至 7 月份的黄鳝性成熟繁殖期。选购黄鳝苗种不要在炎热的夏天和严寒的冬天，夏季 7 一 8 月份时，收集、运输黄鳝，易对鳝造成伤害而感染生病；冬季黄鳝的价位较高，这时购鳝作种不合算。
要选择适当规格的鳝苗种：如果是养鳝种，要求达到 30 一 50 克/尾，就要放养 3 一 5 克/尾的鳝苗。如果是养成鳝，要求达到 100 克左右/尾，放养鳝种时要放 20 一 30 克/尾；要求达到 200 克左右/尾，放养鳝种时要放 30 一 50 克/尾。养殖的目标不一样，所需的鳝种规格不一样。
目前到处都宣传国外特大鳝种，实际上好多特大鳝种就是本地鳝种，价格又高，可能还是转手几道的黄鳝种，成活率不高，还不如在农村直接捕捉或收购的鳝苗种。