泥鳅第一对鳃弓上的外侧鳃耙数 14 一 16 个，多数在 16 一 18 个；第 1 一 4 对鳃弓上的鳃耙呈短棒状突变起，前端稍尖，排列稀疏。泥鳅的咽喉齿 1 行，为 13 一 15 / 15 一 13 ，生于第 5 对鳃弓上，排列呈“ V ”形。第 1 一 6 齿较大，尤以第 2 、 3 齿最大，高、宽均大于其他各齿，后边各齿逐级变小，排列逐级紧密，每个咽喉齿向内侧弯曲略成钩状。脊椎骨数为42 一 49 枚。食道短而细，胃壁厚，前部约 1 /3膨大形成“工”形胃，在中部有 3 一 5 圈的螺纹形状的卷曲。肠管粗而短，呈直线状，壁薄而有弹性，后肠逐渐变细。其肠长占体长的百分比例随体长的增加而略有降低。鰾小，呈双球形，前部包于骨质囊内，后部细小游离。
泥鳅的肠壁很薄，具有丰富的血管网，能进行气体交换，有辅助呼吸的功能。
泥鳅的眼退化变小，而 5 对须极其发达，须的尖端有能辨别饵料发出的微弱的化学分子变化的味蕾。可有效地弥补其视力衰退的不足，是寻觅食物的灵敏的“探测器”。