促使青贮饲料二次发酵的原因主要有以下几个方面：原料收割晚，切段长，装窖不匀，有凹陷，密度不一，装贮时间过长，未压紧，密封差，日取喂量少等。
防止青贮饲料二次发酵主要应抓好以下三点：一是青贮饲料切碎时不可过长，以1厘米~2.5厘米为合适；二是秸秆水分含量应在60%~70%，存放密度要高，每立方米的重量不要少于700千克；三是秸秆要适时收割，尤其应防止玉米秆受霜冻。此外，每次取出青贮饲料后，应该用塑料布将青贮饲料表面盖好压实，使之不通空气。如果封闭不严可以添加适量的丙酸、尿素和氨等化学药剂，以防止发生霉变。